Der »Museumshafen Flensburg e.V.« ist eine private Initiative und wurde als gemeinnütziger Verein 1979 gegründet mit dem Ziel der »Wiederherstellung und Infahrthaltung traditioneller Segelschiffe und anderer historischer Wasserfahrzeuge«. Der Museumshafen versteht sich als Kulturverein. Neben der Erhaltung historischer Schiffe als schwimmende und lebendige Baudenkmäler steht die Pflege der Seemannschaft sowie der lebendige Umgang mit alter Schifffahrtskultur in Handwerk und Kunst.